El ejercicio con fines terapéuticos se describe como la prescripción y ejecución de un programa de ejercicio llevado a cabo en sujetos que padecen algún tipo de lesión o enfermedad, con el objetivo de prevenir daños en funciones o estructuras, restaurar actividades y participación, prevenir o reducir factores de riesgo y optimizar la salud y sensación de bienestar. El ejercicio acuático terapéutico puede definirse como una intervención basada en la evidencia que utiliza las características mecánicas y térmicas del agua durante la inmersión, en combinación con los efectos del movimiento, con el objetivo de un enfoque sistemático para tratar un problema de salud.

La propuesta terapéutica debe ser individualizada, con un diseño de objetivos razonado, en base al control motor, la movilidad, la fuerza, la velocidad, o propiocepción, entre otros, siendo supervisados los indicadores por parte del fisioterapeuta.

Los/as niños/as con lesiones neurológicas reducen su participación en actividades cotidianas debido a sus alteraciones en la arquitectura muscular (modificación del volumen muscular, cambios en sarcómeros y en la composición de la matriz extracelular) contribuyendo a reducir la fuerza y la potencia muscular. Hay evidencias de que el ejercicio acuático restaura los niveles de función motora gruesa, promoviendo la participación.

En adultos con lesión neurológica existe evidencia acerca de que el ejercicio acuático reduce el riesgo de caídas, mejora funciones ejecutivas y emocionales, además de los síntomas motores enunciados en poblaciones infantiles. Todo ello repercute en aumentos de participación en la vida diaria.

La terapia acuática proporciona un entorno en el que se puede participar, con mejoras en variables anteriores, proporcionando una forma motivadora y agradable de participación. Suele ser más propicio para las actividades independientes y la participación que muchas terapias tradicionales basadas en tierra, por lo que los tratamientos acuaticos pueden generar emociones positivas mejorando el bienestar de los pacientes con lesion neurológica.